公司不配合申请工伤认定，受伤职工可以直接向用人单位所在地统筹地区劳动保障行政部门提出工伤认定申请。申请工伤认定应当提交申请书、劳动关系的证明材料。法律依据：《工伤保险条例》第十七条
职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断；鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。
用人单位未按前款规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其直系亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区劳动保障行政部门提出工伤认定申请。
按照本条第一款规定应当由省级社会保险行政部门进行工伤认定的事项，根据属地原则由用人单位所在地的设区的市级社会保险行政部门办理。
用人单位未在本条第一款规定的时限内提交工伤认定申请，在此期间发生符合本条例规定的工伤待遇等有关费用由该用人单位负担。
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职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。
用人单位未按前款规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其直系亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区劳动保障行政部门提出工伤认定申请。
第十八条
提出工伤认定申请应当提交下列材料：
（一）工伤认定申请表；
（二）与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料；
（三）医疗诊断证明或者职业病诊断证明书（或者职业病诊断鉴定书）。
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老板拒不承担相关费用，你可以对用人单位提起劳动仲裁及相关诉讼，确认与用人单位存在劳动关系后进行工伤认定。并根据工伤等级要求其赔偿，如医药费、停工留薪工资、一次性伤残补助金等。
及未签劳动合同一年内，超过一个月不满一年每个月双倍工资。如涉及未支付加班费、未足额缴纳社保的情况也可一并要求赔偿。
简单的说就是你和单位协商处理，协商不成可以搜集证据，去劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
简单的说就是你和单位协商处理，协商不成可以搜集证据，去劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。